Die ehemalige Hansestadt Braunschweig war schon vor Jahrhunderten bestrebt, ihre Verkehrslage durch die Schiffbarmachung von Oker und Aller bis zur Weser zu verbessern. Schon um das Jahr 1000 und vermutlich auch schon früher bestand im späteren Zentrum der Stadt Braunschweig ein Stapel- und Umschlagplatz an der Oker. Im Jahre 1227 wurde die ungehinderte Schifffahrt zwischen Braunschweig und Bremen urkundlich erwähnt. Nach bemerkenswerten Anfangserfolgen musste sie jedoch allmählich wegen innerstaatlicher Schwierigkeiten und der zunehmenden Versandung der Flüsse 1764 wieder aufgegeben werden. Es liegt daher nahe, dass man gerade in Braunschweig um die letzte Jahrhundertwende dem sehr umstrittenen Mittellandkanal als der künstlichen Querverbindung von Rhein, Weser und Elbe besonders großes Interesse entgegenbrachte. Der Bau des Mittellandkanals ermöglichte es der Stadt Braunschweig im Jahre 1934 wieder Hafenstadt zu werden.
Im Norden der Stadt, am heutigen Schnittpunkt des Mittellandkanals mit der Autobahn Berlin-Dortmund, entstand von 1930 bis 1933 eine Hafenanlage mit einem Hafenbecken. Um den wachsenden Schiffsgrößen gerecht zu werden, wurden in den 70er Jahren zwei Parallelhäfen von 20 m Breite, 4 m Tiefe und 300 bzw. 100 m Länge ausgebaut.
2001 wurde ein Parallelhafen auf seine heutige Länge vergrößert. Hier wurde ein modernes Containerterminal mit 38.000 m² befestigter Fläche gebaut.
Bis zur Vollendung des Mittellandkanals bei Magdeburg im Jahre 1938 war der Schiffsverkehr von Braunschweig aus nur westwärts gerichtet. Nach dem Zusammenbruch im Jahre 1945 folgten auch für den Hafen Braunschweig schwere Jahre, obwohl er selbst von Kriegseinwirkungen verschont blieb. Ab 1964 wurde der Mittellandkanal für Großgütermotorschiffe ausgebaut. Das 1905 in Dortmund begonnene Bauwerk wurde mit Inbetriebnahme der Elbquerung im Wasserstraßenkreuz Magdeburg in 2004 beendet.
Bis zur Grenzöffnung 1989 war Braunschweig ein Grenzhandelshafen. Hier wurden Güter von Ost- in Westtonnage und umgekehrt verladen. Der Tiefgang der Schiffe im Transit nach Berlin wurde an die Wasserstände der Elbe angepasst. Nach Grenzöffnung ist dem Hafen Braunschweig dieser wesentliche Teil an Arbeit weggefallen. Bedingt durch den Entfall der Umschlagarbeiten sind auch die im Hafen ansässigen Speditionen und Lagereibetriebe abgewandert. Um die Arbeit im Hafen Braunschweig zu sichern, wurde mit der Umstrukturierung der Hafenbetriebsgesellschaft Braunschweig mbH vom reinen Infrastrukturunternehmen zum Logistikdienstleister begonnen.
